Simulácia Petriho sieti sa v PNTools2.1 kontroluje pomocou panelu simulácie. Panel ma dva stavy zapnutá a vypnutá simulácia.
Po nastavení módu a zapnutí sa panel prepne a umožní ovládanie simulácie. Pomocou tlačidla číslo 1 sa simulácia reštartuje. Tlačidlo číslo 2 simuláciu posunie o 1 krok dopredu, a tlačidlo číslo 3 o pat krokov.
Simulácia sa dá ovládať aj pomocou myšky cez plátno. Prechod hnedej farby bol práve aktivovaný, a prechod zelenej farby označuje dostupné prechody v nasledujúcom kroku simulácie.
